后期秘密大乘菩萨道（佛灭后1000〜1400年; A.D.613〜1013）
公元七世纪以后，由于信仰回教的蒙古人侵略印度，印度民族及宗教受到前所未有的迫害，印度为了民族的复兴，起而反抗异族的入侵。当战后印度民族戮力于复兴时，传统婆罗门教用融摄印度各地传统民间信仰的方式，成功的转型为民族信仰型式的印度教。从此以后，印度教成为印度民族的主流信仰，而佛教则被吸收为印度教主神在世间的化身之一，被视为依附于印度教下的支派。「大乘菩萨道」的发展，因为传出时即已融摄印度传统的传说、神话与寓言故事，原本就是近于神化、理想化的宗教信仰，所以在印度教的声势底下，再次实行融摄印度教之神祇信仰、仪轨的方式，续存于印度社会，而此一生存的新形态，即发展成「秘密菩萨道」。
公元750年以后，印度的波罗王朝 Pāla Dynasty，相当的拥护佛教，但拥护的教派是以密教为主。此后，「秘密菩萨道」发展出《大日经》及《金刚顶经》两部重要典籍，确立了密教的发展与地位。波罗王朝的第二任国王达摩波罗 Dharmapāla（A.D.770~810），建立一座规模胜于那难陀寺的超行寺 Vikramaśila，并发展为印度密教的重要中心。在第三任国王提婆波罗 Devapāla 时，金刚乘（梵 Vajra-yāna, Tāntrika）与印度教性力派相结合，声势隆盛达于颠峰。性力派，即是从印度教女神杜尔嘉（Durgā）的崇拜，转变成崇拜生殖力（śakti），再进而发展出揉杂男女性欲修行法的宗派。这些都在禅定及冥想以外，另使用真言（mantra）与洋特罗（yantra），更容许使用药物及肉体性的纵欲，认为藉助冥想与肉体昂奋的统一（忍精不出），可以获致一种神秘体验的境界，这是主张男女双修法（又辩称是悲（为女）智（为男）双修），可达致入世、出世的统合，是胜义出世间悉地（siddhi）。八世纪以后，金刚乘受到波罗王朝的支持，教团发展几乎遍及全印度。
公元后约770~775年，莲花生弘化于西藏，并采取融摄西藏各部落传统鬼神信仰的方式，将其转为「秘密菩萨道」之护法金刚与菩萨，并兴建西藏佛教史上第一个剃度僧人出家的寺院──桑耶寺（Bsam-yas），成功的让「秘密菩萨道」植根于西藏，因而成为后世宁玛派（rÑin-ma-pa 俗称红教，宣扬如来藏思想）的开创者。由于莲花生有妻子与「明妃」，所以此派也是宣扬双修法的派别。
此后，「秘密菩萨道」逐渐取代了原来的「大乘菩萨道」，原有的「大乘菩萨道」则走入了印度的历史。此后，为了存续而融摄印度教的「秘密菩萨道」，因为神道化而近似于印度教，最后终不免被更神秘化的印度教吸收而没落，日渐成为无关紧要的教派。